Seimas nusprendė, kad Lietuvoje turi likti du klasikiniai universitetai Vilniuje ir Kaune.

Seimo priimtame nutarime nurodyta, kad šiuose miestuose gali veikti profiliniai technologijos, sveikatos mokslų ir menų universitetai, o Klaipėdoje ir Šiauliuose regionų poreikius atitinkantys universitetinio mokslo centrai gali būti kitų universitetų padaliniai. Tačiau Seimas atsisakė įvardyti, kurie iš keturiolikos universitetų turi susijungti. Pradiniame plane buvo numatyta, kad sostinėje turėtų veikti klasikinis Vilniaus universitetas ir profilinis Vilniaus Gedimino technikos universitetas, Kaune – Kauno universitetas, sujungiant Aleksandro Stulginskio, Kauno technologijos, Lietuvos sporto ir Vytauto Didžiojo universitetus bei prijungiant Lietuvos edukologijos universitetą. Kaune turėjo likti Lietuvos sveikatos mokslų universitetas, Šiaulių universitetą siūlyta prijungti prie Vilniaus universiteto, o Klaipėdos universitetą palikti kaip jūrinės pakraipos aukštąją mokyklą.