Valstybės kontrolės nuomone, krašto apsaugos institucijos daugiau kaip 1 mlrd. Lt vertės valstybės nekilnojamąjį turtą valdo nepakankamai efektyviai. Valstybės kontrolieriaus pavaduotojas Arūnas Keraminas teigia, kad dėl teisinio reglamentavimo trūkumų nesavalaikiai priimami Vyriausybės ir krašto apsaugos sistemos institucijų sprendimai dėl tinkamo naudoti, tačiau nereikalingo krašto apsaugos funkcijoms vykdyti nekilnojamojo turto perdavimo kitoms institucijoms, o funkciškai nusidėvėjęs ir pripažintas netinkamu naudoti turtas nelikviduojamas ir nenurašomas jau beveik 10 metų.
Auditoriai nustatė, kad daugiau kaip ketvirtadalis kariškių valdomų patalpų nenaudojamos krašto apsaugos funkcijoms vykdyti. Nenaudojamų patalpų išlaikymui praėjusiais metais buvo išleista daugiau kaip 0,5 mln. Lt. Daugiau negu pusė nenaudojamų patalpų yra nusidėvėję ir nebetinkamos naudoti. 2002-2004 metais priimtuose Vyriausybės nutarimuose kariškiams buvo nurodyta tą turtą likviduoti ir nurašyti, tačiau iki šiol tai nepadaryta.
Auditoriai taip pat pastebėjo, kad Lietuvos kariuomenėje nenustatytos administracinių patalpų ir darbo kabinetų ploto normos, todėl nėra objektyvių kriterijų, pagal kuriuos būtų racionaliau skirstomos patalpos. Pavyzdžiui, Krašto apsaugos savanoriškųjų pajėgų rinktinių kuopose yra maždaug vienodas karių savanorių skaičius, tačiau joms skirtas administracinių patalpų plotas skiriasi iki 5 kartų.
Krašto apsaugos institucijos valdo 33 tūkst. kv. m ploto gyvenamąsias patalpas, iš kurių sistemos reikmėms naudojama tik kiek daugiau negu pusė. Nuo 2009 m. Krašto apsaugos ministro įsakymu kariams nebeskiriami tarnybiniai butai ir įgyvendinama butpinigių mokėjimo sistema. Todėl kariams, kurie galėtų būti apgyvendinti tarnybiniuose butuose, mokami butpinigiai. Dalyje butų gyvena su krašto apsaugos sistema šio metu nesusiję asmenys, kurie moka neadekvačiai mažą nuomos mokestį. Pavyzdžiui, asmuo, gyvendamas dviejų kambarių tarnybiniame bute Vilniuje, moka nuomos mokestį nuo 66 Lt iki 216 Lt per mėnesį, o privačiame sektoriuje analogiškų patalpų nuomos kaina svyruoja nuo 600 iki 1500 Lt per mėnesį.
Valstybės kontrolė rekomendavo Vyriausybei priimti sprendimus dėl krašto apsaugos sistemos institucijoms pavestoms funkcijoms atlikti nereikalingo nekilnojamojo turto perdavimo kitoms institucijoms. Taip pat pasiūlyta spręsti, ar tikslinga atsisakyti karių aprūpinimo tarnybinėmis gyvenamosiomis patalpomis sistemos ir pereiti prie butpinigių sistemos. Krašto apsaugos ministerija raginama imtis priemonių, kurios padėtų sumažinti nekilnojamojo turto valdymo sąnaudas.