Valstybės kontrolė atliko Švietimo ir mokslo ministerijoje finansinį auditą už 2009 metus ir išsiaiškino, kad ministerijai pavaldžiose įstaigose trūksta finansinės drausmės.

Valstybės kontrolieriaus pavaduotojas sprendimu įpareigojo švietimo ir mokslo ministrą reikšmingus teisės aktų pažeidimus padariusius asmenis traukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.

Kai kurios institucijos teikė neišsamius arba netinkamus apskaitos dokumentus arba iš viso jų nepateikė. Ministerija iš biudžeto lėšų gavėjų nepareikalavo patirtas išlaidas pagrįsti apskaitos dokumentais, todėl auditoriai negalėjo patvirtinti, kad 5,5 mln. Lt išlaidų tikrai buvo patirtos ir kad šios biudžeto lėšos panaudotos pagal paskirtį.

Kai kuriais atvejais Nekilnojamojo turto registro duomenys ir apskaitos duomenys neatitinka faktinės pastatų būklės ir paskirties. Pavyzdžiui, Lietuvos jaunųjų gamtininkų centro vardu užregistruoti 23 pastatai, o į apskaitą įtraukta tik 11 pastatų.